甲基化芯片数据分析
产品名称: 甲基化芯片数据分析
英文名称: 甲基化芯片数据分析
产品编号: XSX01
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为了消除实验的误差、生物样品个体差异及噪声等产生的影响,将数据进行归一化处理。
如果该芯片中的探针注释并非由基因组序列设计产生,而是由实验克隆测序直接生成序列,在向基因组BLAST比对的时候,有时会没有对应。需要对其进行重新注释,获得探针的基因组序列。
我们将原有的基因列表进行了重新注释,原有的注释一般只提供了CpG岛位于哪个基因之内,即within, 实际上一个启动子的范围要大得多,因此我们加入了一些CpG岛上游(upstream)和下游基因(downstream)的注释。
差异CpG岛的筛选
扫描CpG岛区域的转录因子结合位点。因为一般情况下甲基化会使转录因子与DNA的结合力下降,导致基因转录水平的降低。因此转录因子的分析可以解释甲基化导致转录抑制的机理。
n 甲基化显著基因的Gene Ontology分析
n 甲基化显著基因的pathway分析
利用NLP技术发现的p53的基因关联网络(局部)